1796 wurde Napoleon zum Oberbefehlshaber der französischen Armee in Oberitalien ernannt. Er besiegte die österreichischen Truppen in einem kurzen Kampf, konnte aber gegen das Tiroler Aufgebot nichts ausrichten und musste unverrichteter Dinge wieder abziehen. Erstmals kamen auch die Schützen des Gerichtes Karneid zum Einsatz. Da man über das Fleimstal auch mit einem Einbruch in Tiers rechnete, bat das dortige Gericht die Gemeinden Karneid und Völs um Unterstützung. Ein Jahr später schlug der Tiroler Landsturm die Franzosen ein weiteres Mal in die Flucht, wenngleich Bozen aufgrund befürchteter Repressalien die Gerichte in seinem Einflussbereich aufrief, die Waffen niederzulegen.
Im 2. Koalitionskrieg stießen die Franzosen über Graubünden nach Tirol vor. Unter Hofers Kommando machten sich auch fünf Kompanien der Gerichte Passeier, Jenesien und Karneid auf den Weg nach Innsbruck. Die Karneider Schützen standen unter dem Befehl des Hauptmannes Josef Vieider.
Obwohl sich die Tiroler Schützen wacker schlugen, konnten sie dennoch die Abtretung Tirols an das mit Frankreich verbündete Bayern nicht verhindern, zu zahlreich waren die Niederlagen der österreichischen Truppen. Am 26. Dezember 1805 wurde der Akt besiegelt. Wirtschaftliche und strategische Neuregelungen trafen die Tiroler Bürger und Bauern schwer. Unter der neuen Bezeichnung Südbayern erfuhren auch religiöse Gepflogenheiten und altes Tiroler Brauchtum drastische Einschränkungen. Der neuerliche Kriegsausbruch zwischen Napoleon und Österreich 1809 warf schließlich den zündenden Funken in das Pulverfass Tirol. In ganz Tirol griffen die Bauernscharen zu den Waffen. An diesem 3. Befreiungskrieg waren auch die Karneider Schützen beteiligt. Der Widerstand der Tiroler brachte die Autorität der Bayern bald zum Einsturz und eroberte das besetzte Gebiet im Sturm bis nach Innsbruck. In Tirol wurde die alte Verfassung wieder hergestellt. Napoleon konnte unter keinen Umständen ein österreichisches Tirol dulden und beauftragte Marschall Lefebvre mit der Besetzung des Landes. Der erste Sieg war jedoch von kurzer Dauer, denn Hofer ließ die Tiroler am 25. Mai am Bergisel aufmarschieren. Am 29. Mai mussten die Bayern nach schweren Verlusten das Land verlassen. Die Bergiselschlacht am 13. August 1809 zwang Franzosen und Bayern endgültig in die Knie. Hofer, Haspinger und Speckbacher galten von nun an als die anerkannten militärischen Führer der Tiroler. Hofer stieg sogar in den Rang des Oberkommandanten von Tirol auf. Der Friedenschluss am 14.Oktober war trügerisch; noch am selben Tag gab Napoleon dem Vizekönig von Italien den erneuten Befehl, Tirol zu unterwerfen. Von den vielen Kämpfen geschwächt und ausgeblutet erlitten die Tiroler erstmals eine vernichtende Niederlage und Hofer sah sich zur Kapitulation gezwungen. Falsche Informationen verleiteten ihn jedoch zu weiteren Kampfeshandlungen. Ein Verrat führte schließlich zur Festnahme Hofers und 1810 zu seiner Hinrichtung in Mantua.
Napoleons Herrschaft konnte erst 1813 gebrochen werden; im selben Jahr wurde auch Tirol unter Mithilfe der Schützenkompanien durch die österreichischen Truppen befreit. Am 3. Juni 1814 wurde auch das Inntal wieder an Österreich gegliedert. Die Rückkehr zur alten Ordnung wurde jedoch von Metternich zunichte gemacht, im Zuge der Restauration die alten Freiheiten mit der neuen Verfassung von 1816 beschnitten.
