Durch die Schenkungsurkunde, die am 26. Jänner 1363 in Bozen unterzeichnet worden war, kam Tirol an die Habsburger. Zu diesem Zeitpunkt war die Grafschaft Tirol ein geschlossenes Gebiet mit ungefähr der heutigen Ausdehnung. Rudolf IV., genannt der Stifter erkannte sofort die große strategische Bedeutung des Neuerwerbs, da es durch die vielen Alpenpässe die wichtigste Verbindung zwischen Nord und Süd darstellte. 1406, im Zuge der habsburgischen Erbteilungen wurde Tirol wieder zu einem eigenen Herrschaftsbereich, in der die Landstände, zu denen auch die Großbauern gehörten, wichtige Mitspracherechte hatten. Friedrich IV. verlegte im Jahre 1414 seine Residenz von Meran nach Innsbruck.
Rudolf festigte seine Herrschaft in Tirol und stellte das Land in den Dienst seiner Politik dem südlichen Nachbarn gegenüber. Als er jedoch völlig unerwartet in Mailand 1365 an einem tückischen Fieber erkrankte und starb wurde seinen weitreichenden Plänen ein jähes Ende gesetzt. Seine beiden Brüder, Albrecht III. und Leopold III. hätten nach der Rudolfinischen Hausordnung von 1364 gemeinsam regieren müssen. Doch schon nach kurzer Zeit zerstritten sich die beiden. Im Vertrag von Neuberg kam es 1379 zur Teilung ihres Besitzes. Nach dem Tod von Herzog Leopold III. regiert sein Bruder allein bis zu seinem Tod im Jahre 1395. Auf ihn folgt Leopold IV., 1406 geht die Herrschaft über auf Herzog Friedrich IV., genannt mit der leeren Tasche. Er regiert bis zu seinem Tod im Jahre 1439.
Besonders erwähnenswert ist nicht nur der Umstand, dass Friedrich mit der leeren Tasche äußerst sparsam war, sondern vor allem wegen des 1406 erlassenen Freiheitsbriefes. In diesem war festgelegt, dass das Tiroler Bürger- und Bauernaufgebot nur zur Verteidigung des eigenen Landes eingesetzt werden dürfe. Mit diesem Bürger- und Bauernheer bezwang er den Tiroler Adel und legte den Grundstein für die besondere Entwicklung der Landesverteidigung Tirols.
Bei seinem Tod war sein Sohn Sigismund der Münzreiche erst zwölf Jahre alt. Somit konnte er die Regentschaft noch nicht antreten. Bis zu seiner Volljährigkeit übernahm sein Onkel Friedrich III. die Vormundschaft.
Für Friedrich III. war Tirol von großer wirtschaftlicher Bedeutung, da das Land über reiche Bodenschätze verfügte. So versuchte er den jungen Sigismund über seine Volljährigkeit hinaus zu bevormunden. Dadurch erregte er jedoch den Unmut der Tiroler Stände. Erst als diese mit Krieg drohten, dankte er ab. Sigismund heiratete 1449 die Tochter Jakobs I. von Schottland. Wegen seiner häufigen Abwesenheiten musste sein Frau Eleonore regelmäßig die Amtsgeschäfte führen. Durch ihr kluges und weitsichtiges Taktieren erwarb sie sich große Sympathien und Anerkennung im Volke. Ihre Vorliebe für die Kunst und die kulturellen Bildung machten Innsbruck bald zu einem Kulturzentrum. Schloss Sigmundsburg auf einer Insel im Fernsteinsee erinnert noch an sie. Sigismund verlegte 1477 die Münzprägestätte von Meran nach Hall in Tirol und ließ die erste Großsilbermünze der Welt prägen. Nach dem Tode seiner Frau im Jahre 1480 änderte Sigismund seinen Lebensstil. Er lebte immer zügelloser und zog sich daher den Unmut seiner Untertanen zu. Durch das prunkvolle Leben am Hofe sowie die vielen kriegerischen Auseinandersetzungen machte Sigismund immer mehr Schulden. Als er Teile von Tirol an Bayer verpfänden wollte, um zu Geld zu kommen, machten ihm die Tiroler Stände einen Strich durch die Rechnung. Auf ihr massives Drängen hin übergab Sigismund 1490 die Amtsgeschäfte an Herzog Maximilian. Er selbst war, obwohl zweimal verheiratet, kinderlos geblieben. Er starb 1496 und wurde im Stift Stams beigesetzt. Mit Herzog bzw. Kaiser Maximilian I. ging eine Ära zu Ende. Er wurde der letzte Ritter und der erste Kanonier genannt. Mit ihm vollzog sich der Wechsel vom Mittelalter zur Neuzeit.
Während seiner Regierungszeit nahm Tirol immer mehr an Bedeutung zu. Es wurde ihm zur zweiten Heimat und zu seinem beliebtesten Aufenthaltsort. Das Goldene Dachl, das Zeughaus an der Sill, das Grabdenkmal in der Hofkirche sind Denkmäler welche die innige Beziehung des Kaisers mit der Grafschaft Tirol unterstreichen. Das Land verdankt aber auch seine endgültige territoriale Ausdehnung seinem weitsichtigen Wirken. Damals entstanden die Grenzen, die bis zum Ende des Ersten Weltkriegs, also bis zur Teilung des Landes Tirol, Bestand hatten. An dieser Stelle soll ganz bewusst ein großer geschichtlicher Sprung bis zur Zeit Maria Theresias gemacht werden, da die Herrschaft der nachfolgenden Regenten keine besonderen Auswirkungen auf Tirol hatten.
Erzherzogin Maria Theresia wurde am 13. Mai 1717 als zweites Kind von Kaiser Karl VI. und seiner Gemahlin Elisabeth Christine von Braunschweig-Wolfenbüttel in Wien geboren. Karl VI. erließ schon im Jahre 1713 die Pragmatische Sanktion. Diese sah vor, dass seine älteste Tochter im Falle des Fehlens eines männlichen Thronfolgers seine Nachfolge antreten konnte. Er hob so die Erbfolge des salischen Gesetzes auf, das die Nachfolge von Töchtern ausschloss. Erzherzogin Maria Theresia wurde deshalb nach dem Tod ihres Vaters zur neuen Herrscherin, da sie die älteste Tochter Karls VI. war und der einzige männliche Thronfolger Erzherzog Leopold im Jahr seiner Geburt 1716 starb. Die Heirat Maria 
Theresias mit Franz Stephan von Lothringen (Franz I.) begründete das Geschlecht Habsburg-Lothringen, das sich durch die große Kinderanzahl des Paares vergrößerte. Den Herrscherstamm führten Peter Leopold (Kaiser Leopold II.), dessen Sohn Franz II. (I.) und wiederum dessen Sohn Franz Karl (der auf die Thronfolge verzichtete) fort. Dessen Sohn Franz Joseph I. regierte länger als alle anderen Mitglieder des Hauses. Von Leopolds zweitem Sohn, Ferdinand III., stammte die Linie Habsburg-Toskana ab, von Maria Theresias Sohn Ferdinand Karl die Linie Österreich-Este.
1918 endete die Herrschaft des Hauses Habsburg-Lothringen in Österreich. Das Verhältnis zwischen der Republik Österreich und der Familie regelt das Habsburger-Gesetz von 1919. Otto Habsburg-Lothringen, der Sohn des letzten Kaisers, Karl I., verzichtete 1961 auf die Herrscherrechte und Vorrechte der Familie.
